钟南山的父亲钟世藩，1901年出生于厦门，16岁入读厦门同文书院，五年后考入北京协和医学院。1930年获医学博士学位，留校当助教，认识了同样来自厦门鼓浪屿的协和高级护校同学廖月琴，并于1933年喜结连理。1934年，钟世藩赴美国辛辛那提大学医学院学习病毒学，夫人廖月琴也到美国波士顿学习高级护理。两年后，夫妇回国。钟世藩任南京中央医院儿科主任。1936年10月，两人在南京喜得一子，因孩子出生的中央医院位于钟山之南，遂起名钟南山。
钟南山的舅妈陈锦彩在《我与鼓浪屿》一文中，非常详尽地写了娘家廖氏家族情况。钟南山之母廖月琴乃厦门鼓浪屿的名门闺秀。她的曾祖父廖悦发是大文豪林语堂妻子廖翠凤的父亲。所以，钟南山称呼林语堂“姑外公”。廖永廉的堂妹廖雪琴嫁给了著名妇产科专家林巧稚的侄儿林嘉泽，钟南山称林巧稚为“姑婆”。此外，闻名海内外的钢琴家殷承宗、著名声乐家林俊卿，按辈分算，也都是钟南山的表舅。
二0一六年，八十岁的钟南山与九十九岁的舅妈陈锦彩在厦门相聚(网络图片）
陈锦彩，人称廖医生娘或廖娘，毕业于国立上海医学院红十字会附属高级护士学校，解放后曾任鼓浪屿区侨联副秘书长、厦门市第八届人大代表等职。一天早晨，有一邻居因精神障碍跳井自杀，民警张罗着将死者捞上来，因井口太小，大人下不去，有人主张找个小孩下去，有人说用铁钩绑在竹竿上放下去捞尸，均被陈锦彩制止了，她自告奋勇将麻绳绑在腰间，两脚顶着井壁一步步下到井底，然后将绳子系在死者腰间，众人再合力把死者拉上来。这件事令人感动，被著名作家舒婷写进《真水无香》一书，广为流传。
在钟南山出生的第二年，日本发动全面侵华战争，1937年“八一三淞沪会战”，南京遭到日军飞机狂轰滥炸，钟世藩的家不幸被炸塌，刚过1岁的钟南山被压在废墟底下。2008年，钟南山在接受《广州日报》采访时深情回忆说，“我出生后没多久，我家就遭到日本飞机的轰炸，房子被炸塌了，是妈妈和外婆冒着生命危险，把我从瓦砾堆里救了出来。听我姨姨说，当时我的脸都已经黑了，后来才慢慢喘过气来。我能活到今天，要感谢妈妈两次给了我生命。”
钟南山父亲钟世藩与母亲廖月琴年轻时照片（网络图片）
淞沪会战后，国民政府决定内迁，钟家颠沛流离。先是到长沙，钟世藩出任湘雅医学院儿科教授，之后又辗转进入贵阳，任贵阳中央医院儿科主任。抗战胜利后，出任广州中央医院院长兼儿科主任、岭南大学医学院儿科教授。
1948年某月，国民党中央卫生署高官3次登门，让钟世藩携带全家及医院现金撤往台湾。据钟南山回忆，他父亲不但人没去台湾，还把医院的13万美元现金保存了下来。1950年7月15日，钟世藩将医院物资一一清点，移交给继任院长。广东省群众医院档案室至今还保留着一份已经发黄的档案——《1950年中央医院财产移交清册》。在这本长达410页的移交清册里，记载了钟世藩院长当时移交的全部内容，既包括文书、信件、图书，也包括房屋、药品、医疗与生活器材、建筑材料等等。
解放后，钟世藩出任中山大学医学院教授，1956年被评为一级教授，是新中国第一批有资格招录研究生的教授之一。廖月琴则作为创建人出任广州肿瘤医院副院长，一家人从此在广州生活。
钟南山与夫人李少芬（网络图片）
上世纪50年代，钟世藩初创儿科病毒尝试室，这也是我国当时规格最高的临床病毒尝试室。此前，他省吃俭用买了三四百只小白鼠养在家里三楼，每天都要照顾、观察这些小白鼠，由于养鼠气味很大，因此如有人问：“钟世藩的家在什么地方？”人家就会回答：“什么地方闻到老鼠味就是他家”。钟南山的医学启蒙就是从这里开始，他说，“在我的生活中，对我影响最大的是我的父亲。”
廖月琴不仅医术精湛，还博览群书，从小给钟南山和妹妹讲故事，对他的成长产生了许多重要的影响。钟南山一直珍藏着一张他在1950年骑自行车的照片，他回忆说，“当时我看到别的孩子有自行车，非常羡慕。小学六年级时，妈妈对我说，‘你要是小学毕业能考到前5名，我就奖你一辆自行车！’”1949年，我在岭南大学附小读书，学校根据平时的成绩发了一份成绩单，我排在第二名。我很高兴，但也不敢说什么，因为那一年国民党发行金圆券，通货膨胀非常厉害，家里生活很困难。但没想到，就是在这种情况下，妈妈给我买了一辆自行车。当时我在日记里这样写道：‘妈妈实现了她的诺言，给我买了一辆自行车，我是多么高兴啊！’从那时起，我就记住了一件事情，那就是只要你答应的事，就一定要做到，这就是妈妈教给我的。我现在对我的孩子、对我的研究生也是这样，要么不答应，答应了我就一定要做到。”
1953年，钟南山就读于广东实验中学，1955年考入北京医学院（现北京大学医学部），1960年毕业后留校。钟南山喜欢体育运动，上大学时曾代表学校参加北京市大学生运动会，荣获400米跑冠军；1961年参加北京市运动会，获得男子十项全能亚军。钟南山准备参加全运会，到国家队练习，遇到了同在北京训练的李少芬。李少芬是中国女篮首批队员，随后留学苏联长达5年。谢晋导演拍摄的影片《女篮五号》，她是该影片原型人物之一，并亲自参加该片的拍摄。钟南山和她都来自广东，家长是医院同事，体育是共同兴趣，由此产生了爱情。1963年末，李少芬与钟南山在北京结婚，婚房是体委一间空置的不敷10平方米的小屋，里面除了一张床和简单的家居用品，别无其他，但幸福满满。后来，他们有了儿子钟惟德，现是广州市第一人民医院教授、主任医生、博士生导师，曾两次荣获广州十大杰出青年称号。女儿钟惟月曾就读美国南加州大学会计专业，后来成为非常优秀的游泳运动员，曾获得过世界短池游泳锦标赛100米蝶泳冠军，1994年还打破短池蝶泳世界纪录。
钟南山的妻子李少芬1966年从中国女篮退役后，本可留京做教练，因考虑公婆无人照顾，主动提出回广东队继续打球，尔后任广东省女篮教练。
1971年钟南山调回广州。当年年底，安排到广州第四人民医院（现广州医科大学附属第一医院）急诊室。一天，增城有个肺结核大出血的病人送来就诊，钟南山主动请缨，结果误诊，后来将患者火速接回医院，重新会诊，发现只是一根鱼刺刺中了病人的胃小动脉引起大出血。这事对他刺激极大，从此拼命钻研医学知识，仅仅半年就写了满满四大本医疗工作笔记，很快就胜任了临床工作。上世纪70年代中国流行慢性支气管炎，钟南山参加了慢支炎防治小组。在五年研究中，他与侯恕合作写下论文《中西医结合分型诊断和治疗慢性气管炎》。1978年第一届全国科学大会上，这篇论文获得一等奖。
1979年钟南山赴英国爱丁堡大学医学院及伦敦大学呼吸系进修，这是改革开放后最早由国家派出深造的留学人员。其间，钟南山对呼吸系统疾病的防治研究取得了6项重要成果，完成7篇学术论文，其中有4项分别在英国医学研究学会、麻醉学会及糖尿病学会会议上发表。成就卓越，爱丁堡大学极力挽留他，但钟南山执意归国，他说：“我对自己祖国的热爱，不仅出自血浓于水的感情，更源自对祖国深厚文明底蕴的理解和骄傲！”1981年，他回国并担任广州医学院副教授，后又任广州医学院院长、党委书记、广州市呼吸疾病研究所所长、广州呼吸疾病国家重点实验室主任、中华医学会会长等职，一步步成为我国呼吸内科领域的领军人物，1996年5月当选为中国工程院院士。
“一个人活在这个世界上，如果能留点什么东西，那他才算没有白活。”这是钟世藩对自己、对儿子钟南山常常说的一句话。1987年，钟世藩的生命走到了尽头。按父亲遗嘱，钟南山把父亲和母亲的骨灰合在一起撒到故乡厦门的海面上。
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